Sykdom finnes i ethvert økosystem. Oppdrett endrer ikke det, men det endrer dynamikken. Nye arter og nye smittestoffer er innført. Og framfor alt står det nå et svært stort antall mottakelige verter tett sammen langs kysten hele året — villaksen er der noen uker. Med nesten ubegrenset tilgang på verter kan smittestoffer utveksles effektivt, etablere seg for godt, bli mer eller mindre sykdomsfremkallende og krysse over til nye vertsarter.

Kunnskapen er skjevt fordelt, og skjevheten er selve saken. Hvordan sykdommene virker på fisken i merden, og hvordan smitte spres mellom fisk og mellom anlegg, er relativt godt dokumentert. Det er også vist at smitte går begge veier mellom vill og oppdrettet fisk. For de aller fleste sykdommene finnes det derimot ingen tilsvarende dokumentasjon på hva et høyere smittepress gjør med villaksen. Unntaket er klassisk furunkulose, der hele kjeden er dokumentert — innførselen til Norge, spredningen i oppdrett, overføringen til villaks og virkningen på bestandeneVRL.

Regelverket skiller mellom sykdommer som er listeført og sykdommer som ikke er det. Infeksiøs lakseanemi bekjempes aktivt av det offentlige, og et anlegg med påvist sykdom må slakte ut. For pankreassykdom gjelder utslaktingsplikten bare utenfor den såkalte PD-sonen, som er produksjonsområde 2 til 6. Vitenskapsrådet skriver at hensynet til villaks dermed ikke er ivaretatt i forvaltningen inne i sonen. Det offentlige bekjemper ikke sykdommer som ikke er listeført, så flere av de viktigste infeksjonene i næringen er overlatt til næringen selv.

Pankreassykdom er undersøkt med et forsøk som måler virkningen på villaksen direkte. Havforskningsinstituttet og NORCE satte ut rundt 50 000 laksesmolt i Etne og Dale i 2018 og 2019, klekket fra stamfisk fanget i de to elvene. En del av smolten var vaksinert mot sykdommen og resten ikke. Tok smitte fra anleggene livet av smolten, skulle de vaksinerte kommet tilbake i større antall. Langs vandringsruten ble det påvist mellom 3 og 16 utbrudd i oppdrett hvert av årene. Til Etne kom 1,41 % av de vaksinerte og 1,43 % av de uvaksinerte tilbake, til Dale 2,49 % og 2,58 %. Forfatterne konkluderer med at utbrudd i oppdrett neppe gir dårligere vekst eller høyere dødelighet hos utvandrende villaks i et omfang som betyr noe for bestandenMadhun mfl. De advarer selv mot å trekke resultatet ukritisk over på andre steder og år. Forsøket gjelder pankreassykdom og ingen andre sykdommer.

Vitenskapsrådet plasserer faktoren der den lå i 2025. Kunnskapen om hvordan de enkelte smittestoffene virker på villaks, er fortsatt mangelfull, og det er dette hullet rådet ber om å få tettet. Dødeligheten hos oppdrettslaksen i sjøfasen var 14,2 % i 2025, mot 15,4 % i 2024 og 16,7 % i 2023. Det er den laveste i perioden 2021–2025, som Veterinærinstituttets fiskehelserapport for 2025 dekker. Tallet er et mål på tilstanden i smittereservoaret og ikke på hva villfisken møter.

Vitenskapsrådet setter effekten på produksjonen av villaks til en svak reduksjon, under 10 %, og legger til at effekten kan være undervurdert. Grunnen er den samme som gjør faktoren vanskelig: uten kunnskap om hva det enkelte smittestoffet gjør med villaks, er det ikke mulig å vite hva som er utelattVRL.

Sykdomsbildet i smittereservoaret, oppdrettsfisken, varierer fra år til år. I 2025 ble det stadfestet 18 utbrudd av infeksiøs lakseanemi, et nivå som har lagt seg stabilt høyere enn før. Pankreassykdom ble påvist 44 ganger, det laveste i tiårsperioden. Også i 2026 er det påvist mange tilfeller av pankreassykdom, de fleste innenfor et lite område ved Frøya og Hitra. Klassisk furunkulose ble ikke påvist, verken hos vill eller oppdrettet fisk, i 2025VRL.